Un arrêté, publié le 5 mai 2020 au Journal officiel, précise les modalités d’épandage des boues issues du traitement des eaux usées urbaines pendant la période de coronavirus.

Les boues extraites après le début d'exposition à risques pour le Covid-19, soit dès le 13 mars pour certains départements, ont à subir une hygiénisation préalable, d’après le texte.

Certaines boues doivent aussi faire l’objet d' « une surveillance complémentaire qui consiste en l'une ou plusieurs des mesures suivantes :
- un enregistrement du suivi des températures dans le cas de la digestion anaérobie thermophile et du séchage thermique ;
- un enregistrement journalier du pH dans le cas du chaulage ;
- un enregistrement du suivi des températures, de la durée de compostage et du nombre de retournements dans le cas du compostage ;
- un doublement, pour l'ensemble des traitements, de la fréquence des analyses microbiologiques (…) et notamment celle de la surveillance des coliformes thermotolérants (E. coli) ».

L’Anses, dans un avis le 2 avril 2020, avait jugé le risque « faible à négligeable » pour ce type de boues, « étant donnée l’efficacité de l’ensemble des traitements appliqués: compostage, séchage thermique, digestion anaérobie thermophile et chaulage ».